Станислав Малышев родился в 1980 году в Свердловске (Екатеринбург). Окончил Московскую консерваторию имени П. И. Чайковского (класс профессора Игоря Фролова) и ассистентуру-стажировку МГК (класс камерного ансамбля профессора Нины Коган). Дирижерское образование получил в Уральской консерватории имени М. П. Мусоргского (класс профессора Вячеслава Карташева), стажировался в классе профессора Игоря Дронова в Московской консерватории. Лауреат международных конкурсов.

​

Выступал со многими ведущими оркестрами в престижных концертных залах России и Европы, в том числе в берлинском Концертхаусе, парижском Музыкограде, залах Московской консерватории, Концертном зале имени П. И. Чайковского. Принимал участие в фестивалях «Московская осень», «Московский форум», SOUND UP, Баховском фестивале в Стамбуле, Венецианской биеннале, Бетховенском фестивале в Бонне, фестивалях классической музыки в Тунисе, Франции, Австрии, Швейцарии и др. Осуществил премьеры произведений Дьёрдя Лигети, Джачинто Шельси, Феликса Янов-Яновского, Алексея Рыбникова, Кирилла Уманского и др.

​

В 2017 году начал дирижерскую деятельность. В 2018 году создал оркестр современной музыки OpensoundOrchestra, с которым выступает как дирижер и солист, записывает музыку к кинофильмам, сотрудничает с молодыми композиторами, мастерами джаза и корифеями академической сцены. Под управлением Станислава Малышева состоялись премьеры сочинений Габриэля Прокофьева, Павла Карманова, Йоханна Йоханнсонна, Кристиана Ярви, Владимира Мартынова, Сергея Ахунова, Андрея Зеленского, Николая Попова, Стивена Госса и других авторов.

​

С 2008 года – артист ансамбля «Студия новой музыки» (концертмейстер). Выступает также в составе OpensoundQuartet – ансамбля, образованного музыкантами OpensoundOrchestra.